חבורת האקס-מן האולטימטיבית נמצאת במלחמת הישרדות להצלת כל המינים בשתי תקופות שונות. הדמויות האהובות מטרילוגיית אקס-מן המקורית מאחדות כוחות עם מקביליהם הצעירים מ"אקס-מן: ההתחלה" בקרב אפי שחייב לשנות את העבר בכדי להציל את העתיד.