אוקז'ימה רוקורו שנשלח להעביר דיסק המכיל תוכניות סודיות, נתפס בידיי חבורת פיראטים (פיראטים מודרניים, לא של פעם), אשר מכנים עצמם "הלגונה השחורה (Black Lagoon). הפיראטים מאפשרים לרוקורו ליצור קשר עם מנהל המחלקה שלו. מנהל המחלקה מספר לו את האמת מאחורי ה...